Het House of Lords stemde om die clausules uit het wetsvoorstel te schrappen in een reeks nederlagen voor de regerende Conservatieve Partij. De regering heeft geen meerderheid in de Lords en zelfs enkele vooraanstaande conservatieve leden waren tegen de clausules.
"De regering moet gezond verstand zien, de schrapping van deze aanstootgevende clausules accepteren en beginnen met het opbouwen van onze internationale reputatie", zei Angela Smith, de leider van de oppositiepartij Labour in de Lords.
Maar de ministers trekken zich niet terug en zijn van plan om later in het wetgevingsproces te proberen de clausules in wetgeving om te zetten.
De publicatie van het wetsvoorstel in september lokte kritiek uit en sommigen zeiden dat het de internationale positie van Groot-Brittannië zou verwoesten. Biden tweette op 16 september dat alles wat het vredesakkoord tussen de Ierse Republiek en Noord-Ierland in gevaar zou brengen, de Engels-Amerikaanse handel zou bedreigen.
Johnson zegt dat de clausules er zijn om als vangnet te dienen voor het geval lopende onderhandelingen met de EU niet uitwerken hoe goederen kunnen stromen tussen Groot-Brittannië, de Britse provincie Noord-Ierland en over de open grens met EU-lid Ierland.
Velen zagen het wetsvoorstel in plaats daarvan als een onderhandelingszet om concessies van de EU te krijgen in handelsbesprekingen. Brussel heeft juridische stappen ondernomen tegen Groot-Brittannië vanwege de voorstellen.
"De EU kan geen nieuwe overeenkomst ratificeren terwijl het VK wetgeving aan het opstellen is om een eerdere overeenkomst te verbreken", zei de Ierse minister van Buitenlandse Zaken Simon Coveney op Twitter. "Vertrouwen en goede trouw zijn belangrijk."
De definitieve formulering van het wetsvoorstel moet door beide kamers worden goedgekeurd, en doorgaans blokkeren de niet-gekozen Lords niet permanent wetten die worden ondersteund door het rechtstreeks gekozen Lagerhuis.
De clausules zijn echter mogelijk niet langer nodig als de gesprekken met de EU over hoe de Ierse grens werkt, succesvol zijn.
